A tale attività fa seguito un secondo audit (denominato stage 2 – Audit di certificazione).
Nel corso dell’audit vengono esaminati anche esempi di attività svolta; qualora vi sia attività svolta al di fuori della sede abituale dell’Organizzazione (cantieri, attività svolta presso il cliente ecc.), tali attività vengono anch’esse visionate.Il risultato dell’audit consiste nella valutazione del grado di conformità del sistema alla ISO 14001, dettagliato in un rapporto di audit, e caratterizzato da eventuali situazioni di non conformità, il cui grado di criticità può essere variabile.
E’ comunque necessario che l’organizzazione assicuri il rispetto dei requisiti di legge relativi all'ambiente di certificazione.
Ad esito positivo dell’audit di certificazione all’organizzazione viene rilasciato il certificato di conformità, la cui durata, triennale, è vincolata all’esito di audit di mantenimento annuali.